Depuis 2010, Nicolas Morales est maître de conférences à l'Université d'Aix-Marseille et membre de l’UMR 7303 TELEMME, Aix-Marseille Université & CNRS, au sein de la Maison Méditerranéenne des Sciences de l'Homme d'Aix-en-Provence (France).
Après avoir soutenu une thèse de doctorat sur le renouveau identitaire de la figure de l’artiste dans l’Espagne moderne (XVII-XVIIIe siècle), publiée en 2007 aux éditions de la Casa de Velázquez, il analyse désormais principalement les usages publics de l’histoire dans la sphère muséale de l’Espagne contemporaine. Il est actuellement membre du projet européen REVFAIL (2019- 2024), Reversing the Genealogies of Unsuccess, 16th-19th Centuries.
Ancien directeur scientifique de la Casa de Velázquez à Madrid (2015-2020), il a fondé, en 2016, l'Institut d'études avancées de Madrid (MIAS), intégré depuis sa création à l'Universidad Autónoma de Madrid et au réseau européen NetIAS. Au sein d’Aix-Marseille Université, il a successivement occupé les fonctions de directeur de l’Institut d’études Avancées-IMéRA (2013-2015) et de directeur de l’IDEX, Initiative d’Excellence (2020-2023). Il est actuellement membre du conseil scientifique du FIAS, French Institutes for Advanced Study Programme.